Prologue : On y traite de la manière dont l'âme pourra se disposer pour arriver promptement à son union avec Dieu. On y donne des avis et des enseignements très utiles à ceux qui commencent aussi bien qu'à ceux qui ont réalisé beaucoup de progrès, afin qu'ils sachent se débarrasser de tout ce qui n'est pas spirituel
Livre I : Où l'on explique ce qu'il faut entendre par nuit obscure et combien il est nécessaire de la traverser pour parvenir à l'union Divine.
Livre II : Où l'on traite du moyen de parvenir immédiatement à l'union Divine, c'est à dire la Foi. Seconde partie de cette nuit appellée nuit de l'Esprit.
Livre III : Où l'on traite de la purification et de la nuit active de la mémoire et de la volonté. On enseigne la conduite que l'âme doit tenir à l'égard des actes de ces deux puissances pour arriver à l'union avec Dieu, par la perfection de l'espérance et de la charité.